システムエンジニアのデメリットとして挙げられるのは技術面に関してでしょう。IT業界の場合は技術の移り変わりが速い傾向にあるため、新しい技術を身につけても半年や1年の間で自分の持つ技術が使えなくなるケースも考えられます。自分の技術がIT業界で通用するものであるためには、常に新しい技術を身につけておくことが重要です。このデメリットを解消するには探求心や向上心が必要になり、常に新しい技術を追い求める探求心や、自分が最先端の技術を持つ貴重な人材になるという向上心があればデメリットではなくなるのです。考え方を変えればメリットともなるでしょう。企業は最先端の技術を求めています。つまり最先端の技術を持っていることで自分の市場価値を高めることができ、市場価値が高まっていけば転職を考えた時に企業が求める人材となれるのです。また、市場価値を高めていくことでフリーランスとして働く時も仕事が得られやすくなります。
就業時間外での勉強を求められる部分も、システムエンジニアにとってのデメリットといえます。システムエンジニアはチームの管理を求められるケースが多いので、専門的な知識を深めておく必要があり、休日を使っての勉強が効率的です。これも、考え方によってはメリットとなります。専門的な知識を深めることで仕事をスムーズに行えるようになるので、チームで作り上げる製品が質の高いものになりやすいでしょう。質の高い製品が出来ればチームの評価が上がって、自分の市場価値も上がります。